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Journée d'Etude Novembre 2014

ASFILAB

 JOURNÉE-DÉBAT

Les techniques en microbiologie : "De PÉTRI à MALDI-TOF"

 

 

 Le 14 novembre dernier, s'est tenue notre journée-d'étude 2014. Cette année, le thème des débats était consacré à l'évolution des techniques en analyse microbiologique. Le développement de techniques analytiques de pointe (notamment par spectrométrie de masse) allié à une accélération de rendu de résultats nécessitait de faire un point sur l'existant et d'estimer les possibilités des futures évolutions. 

 

Le cadre de la salle KARNAK de l'Espace Saint Martin (199bis rue Saint Martin 75003 Paris) a accueilli les participants de notre journée 2014.

Le programme de la journée :

Dès que l'existence des micro-organismes fût un fait acquis, les scientifiques n'ont cessé d'imaginer, de mettre au point et d'appliquer des méthodes de détection, de dénombrement, de sélection, d'identification, etc. adaptées aux domaines où leur présence est synonyme de risque. Depuis la célèbre boîte inventée par Pétri à la fin du 19ème siècle, diverses méthodes alternatives ont ainsi été proposées qui connaissent plus ou moins de succès. Ces diverses techniques, selon le principe utilisé, sont qualifiées de simples ou complexes, rapides ou classiques, de criblage ou d'identification.

Cette journée d'échanges fut l'occasion de faire le point sur ces nouveaux outils et de dégager leurs possibilités pratiques d'application. Elle était destinée au personnel des laboratoires et était basée sur un ensemble d'exposés présentés par plusieurs acteurs / intervenants, spécialistes dans les domaines suivants :

 en se focalisant sur les applications agro-alimentaires, vétérinaires, de biologie médicale et de l'environnement.

  Une large partie du temps fut consacrée aux questions et échanges entre les participants et les conférenciers.

Cette journée était présidée par Jean-Marc FREMY, Président, et les membres de l'Association ASFILAB.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 Après une courte introduction de notre président souhaitant la bienvenue à la cinquantaine de participants, Alexandre LECLERCQ (de l'Institut Pasteur de Paris) introduisait la thématique du jour avec son exposé "Évolutions des techniques : Objectifs et bénéfices". S'appuyant sur le marché de l'analyse, de la demande et de l'offre possible en analyse microbiologique, il brossait un tableau complet des tendances actuelles dans les domaines agro-alimentaires et des eaux, tant sur les aspects techniques et technologiques que normatifs et réglementaires (avec l'accréditation en toile de fond). Les percées technologiques, les contraintes industrielles, la gestion optimisée des risques et l'existence de méthodes alternatives font évoluer réglementation et normalisation dans un sens toujours plus adapté à une réponse rapide aux problématiques industrielles et de santé humaine. L'adéquation "méthodes / objectifs" était discutée. Fort du constat de ces tendances, était passé en revue l'arsenal des outils aujourd'hui disponibles, pour la détection, l'enrichissement et le dénombrement des germes pathogènes. Ce tour d'horizon critique ouvrait, pour terminer,sur le nano-labo du futur et les puces à ADN.

 

Lui succédant à la tribune, Bertrand LOMBARD (de l'ANSES - Maisons-Alfort) nous parlait de l'évolution de la normalisation dans le domaine de la microbiologie des aliments. Après un bref rappel du "Pourquoi normaliser ?" et de l'impact positif de la normalisation sur le commerce alimentaire mondial, étaient présentés quelques rappels de la structure de la normalisation et le processus d'élaboration d'une norme (AFNOR et CEN/ISO) en général, puis la structure dans le domaine de la microbiologie des aliments. Les évolutions actuelles de ces normes étaient passées en revue : méthodes de référence (détection et dénombrement) et méthodes générales (performance des milieux de culture, préparation des échantillons, incertitude de mesure, validation de méthodes, ...). Dans ce cadre était évoquée la place des nouvelles technologies : PCR, IMS, Séquençage génomique, ...

 

Entre les interventions et les débats avec les orateurs, de nombreuses pauses furent organisées, pour permettre les échanges entre participants, approfondir les questions avec les orateurs et découvrir les nouveautés des exposants présents.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

La présentation de Stéphanie SAMMARTANO (AFNOR Certification) avait pour objectif de nous présenter la façon dont AFNOR certifie les méthodes alternatives. En présentant la marque "NF Validation", l'oratrice nous rappelle le champ d'application de la marque (répondre aux fabricants et utilisateurs de kits) et le cadre réglementaire (règlement CE et la reconnaissance de la DGAL) dans lequel elle s'inscrit. Elle évoquait ensuite le rôle de la commission de validation et du bureau technique dans le processus de certification. Puis était détaillé la procédure de certification : Dépôt du dossier, Instruction administrative, Instruction technique (Etude de la validation de la méthode), Audit sur site de production (Vérification de la conformité de la production dans le temps), Décision, Surveillance dans le temps.

 

Florence SIMONUTTI (COFRAC) intervenait ensuite pour développer la "démarche d'accréditation et les modalités de traitement et d'évaluation des nouvelles méthodes d'analyses". En rappelant que les démarches (demandes parvenues au COFRAC) d'accréditation pour des paramètres basés sur des principes analytiques autres que les cultures bactériennes sont de plus en plus fréquentes, elle confirmait la tendance actuelle évoquée par les précédents orateurs. Son exposé décrivait en détail, dans un premier temps le processus d'examen, par le COFRAC, d'une première demande d'accréditation : Analyser la demande - Evaluer les compétences - Décider - Notifier ; la particularité de cette accréditation étant de faire appel à des compétences externes pour l'étude de faisabilité. Elle rappelait ensuite que les secteurs agro-alimentaires et des eaux étaient particulièrement concernés par cette problématique. A travers deux exemples de traitement, une méthode certifiée par l'AFNOR et une identification de micro-organismes par la méthode de MALDI-TOF elle soulignait le rôle des responsables d'accréditation dans ces processus.

 

Cette première partie des interventions se concluait autour d'un buffet permettant la poursuite des débats et autres échanges informels entre les orateurs, participants, membres organisateurs et exposants : l'alliance des nourritures matérielles et des idées...

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

L'après-midi débutait par l'intervention de Pierre COLIN (Professeur émérite de l'Université de Bretagne Occidentale) sur une "expérience vécue avec Salmonella spp." qui constitue, de nos jours un des principaux dangers sanitaires pour l'homme. Évoquant les problèmes de santé publique au travers de l'évolution des principaux stéréotypes de salmonelles isolés chez l'homme depuis 2002 et responsables des TIAC, il indiquait le constat de nombreux stéréotypes dans de nombreux aliments. Toutefois, il montrait la baisse régulière (en France et en Europe) des cas de salmonellose humaine, comme conséquence de l'application des programmes de contrôle dans les élevages avicoles. Les études épidémiologiques constatent la présence de salmonelles dans les productions animales (volaille, porc, bovin et animaux de compagnie) et dans les productions végétales (tomate, melon, tourteaux) et dans les eaux. Face à cette diversité dans la typologie et dans les milieux propices à leur développement, il évoquait les besoins méthodologiques pour leur détection et leur suivi épidémiologique (sérotypage et caractérisation). Il terminait en mettant beaucoup d'espoirs dans les outils de la biologie moléculaire.

 

Claire COUTURIER (SGS-France) intervenait sur le bilan de l'évolution normative des méthodes de recherche de Legionella. Elle rappelait le contexte réglementaire dans lequel s'inscrit la production d'eaux chaudes sanitaires et celui du fonctionnement des TAR (tours aéroréfrigérantes), puis passait en revue les méthodes normalisées, ou non, permettant le contrôle : cultures bactériennes, amplification génique, immuno-affinité couplée à des détecteurs spécifiques. Elle détaillait ensuite la norme NF T 40 431 dans sa version 2003 en montrant son évolution dans la version très récente de novembre 2014 et pointait les limites et critiques de cette méthode. La norme NF EN ISO 11731-2, était également détaillée. Les avantages et inconvénients de ces méthodes par culture bactérienne étaient soulignés, avant de comparer les avantages et inconvénients des méthodes par amplification génique (NF T 40 471) puis ceux des méthodes par affinités moléculaires, non normalisées (méthode par immuno détection par immuno fluorescence directe ou indirecte - sonde nucléique spécifique de Legionella). Elle concluait sur le fait que toutes ces méthodes ont leurs limites et ne répondent pas à tous les besoins (flore interférente, inhibiteurs de PCR, délais courts, etc.) et que d'autres méthodes sont en cours de développement ou de validation.

 

Quittant le domaine des eaux ou des industries agro-alimentaires, Alexandra DOLOY (Hôpital COCHIN) abordait les problématiques liées au domaine médical ("Techniques d'identification, notamment spectrométrie de masse, en microbiologie médicale"). Après un bref historique rappelant la découverte des micro-organismes, elle évoquait les missions principales qui échoient au laboratoire de microbiologie en milieu hospitalier, et la démarche d'un diagnostic. Son exposé détaillait les quatre étapes de l'évolution des techniques d'identification : Tests phénotypiques conventionnels - Automates de tests phénotypiques - Tests moléculaires (séquençage ADN)  puis spectrométrie de masse (MALDI-TOF). A chaque étape, les avantages liés à ces tests étaient présentés. Après un rappel du principe MALDI-TOF, elle développait sa pratique au laboratoire et son utilisation en routine, à travers une critique des principaux facteurs influençant l'identification bactérienne. Les principaux apports et avantages de la spectrométrie de masse étaient soulignés en s'appuyant sur des exemples de recherche Escherichia coli et Streptococcus agalactiae.

 

L'intervention de Patrice ARBAULT (Bio Advantage Consulting - France) sur "les Méthodes alternatives de détection des pathogènes alimentaires" avait pour but de souligner les différents écueils que comportent ces méthodes, malgré les nombreux avantages qu'elles procurent. Sa présentation distinguait trois typologies de méthodes alternatives : les méthodes basées sur des anticorps, celles basées sur des acides nucléiques et celles basées sur les milieux de culture (type plaque agar et Petrifilm). Après un synoptique général décrivant le principe des méthodes de détection en analyse alimentaire et comment s'inscrivent ces méthodes alternatives, de nombreux exemples montraient les performances comparées (sur les aspects spécificité et sensibilité de la détection) des différentes techniques évoquées. Il concluait en rappelant que l'introduction des nouvelles technologies ont apporté de grandes opportunités de solutions pour l'industrie alimentaire.

 

Dans le cadre de cette journée d'étude et durant les pauses, les sociétés CHARLES RIVER et BIOMERIEUX exposaient leur matériel en relation avec la thématique du jour, et répondaient aux questions des participants.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

   

 
 
 
 
 
 
 
Les membres d'ASFILAB ainsi que les participants à cette journée d'étude ont la possibilité de visualiser les présentations des différents orateurs et d'accéder à la liste des participants, sur la page qui est consacrée à cette manifestation. Il vous suffit de demander, par mail, les clés et les mots de passe auprès du secrétariat d'ASFILAB et de vous connecter sur la page adéquate (onglet "colloques")

  CONTACTS

ASFILAB

Nathalie Agustina, ASFILAB Secretary

SGS MANAGEMENT SERVICES - 29, avenue Aristide Briand - 94111 – Arcueil Cedex

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